預付款擔保是承包人正確、合理使用發包人支付的工程預付款的擔保。其主要目的是保證承包人按照合同約定將預付款用于工程建設，以保證發包人在規定期限內能夠從應付工程款中扣除全部預付款；而一旦承包人拿到預付款后挪作他用、攜款潛逃或宣布破產，將由擔保人承擔賠償責任。
從地方試點看，2000年《北京市推行工程擔保制度試點工作實施方案》最早提出要試行預付款擔保，也于2004年《關于在建設工程發包承包活動中設定保證擔保的若干規定》中首先對預付款擔保制度做出規范。
地方試點推動了國家層面的政策發布：在2006年《關于在建設工程項目中進一步推行工程擔保制度的意見》中，建設部首次提出“各地還應積極鼓勵開展符合建筑市場需要的其他類型的工程擔保品種，如預付款擔保”。
發展至今，預付款擔保已歷經了一系列變化，逐漸適應我國國情并接軌國際慣例。
從預付款保證金到預付款保函
同投標擔保、履約擔保等相同，預付款擔保最早也是以現金保證金形式出現的；但不同于投標保證金不得超過不得超過招標項目估算價的2%、履約保證金不超過中標合同金額的10%，預付款保證金與預付款等額，如在包工包料工程中原則上應為合同金額的10%-30%。
在預付款擔保采用現金保證金的形式下，其對于建筑企業，尤其是小微企業而言是一個沉重的負擔。盡管住建部和財政部在2013年《建筑安裝工程費用項目組成》中明確企業為施工生產提供預付款擔保所發生的各種費用屬于企業管理費中的財務費，是建筑安裝工程費用的項目組成，但依然會對承包人的現金流造成巨大壓力。這為預付款保函的誕生埋下了伏筆：由于預付款保函僅需承包人繳納占擔保金額較小比例的擔保費用，即能取得與繳納現金保證金同等的保證效果，因此能大大降低企業負擔。
早在2008年住建部印發的《注冊建造師施工管理簽章文件（試行）》中，《注冊建造師施工管理簽章文件（公路工程）》便用“經過認可的預付款保函”取代預付款保證金。至2016年《國務院辦公廳關于清理規范工程建設領域保證金的通知》徹底取消了預付款保證金的政策依據，預付款擔保全面進入保函時代。
從示范文本看我國預付款擔保制度
2013版《建設工程施工合同（示范文本）》最早對預付款擔保的提交時間、保函形式、擔保額度、擔保期限等做出示范規定，2017版示范文本也對預付款擔保保留了前版規定。
從提交時間上看，預付款擔保的提交先于預付款支付。在實踐中預付款擔保還演變為預付款申請的前提條件：如在2008年住建部《注冊建造師施工管理簽章文件（公路工程）》便將“經過認可的預付款保函”列為預付款申請的前提。
從保函形式上看，預付款保函可以采用銀行保函和擔保保函等形式，實踐中也有抵押等擔保形式。2013年保監會解除對保險公司涉足工程保證業務的禁令后，以保險公司為擔保主體的工程預付款保證保險迅速發展，中國保險行業也于2019年發布了《建設工程施工合同預付款保證保險示范條款》以規范該保險業務開展。
從擔保額度上看，預付款擔保金額不得低于預付款金額；從擔保期限上看，預付款擔保期限應長于預付款返還期間——兩個維度共同保證發包人的預付款能夠完全收回。
從FIDIC合同對比預付款擔保條款
預付款擔保作為國際慣例，在國際工程市場上一般遵循極具權威性的99版FIDIC土木工程施工合同（下簡稱FIDIC合同）。通過對我國《建設工程施工合同（示范文本）》與FIDIC合同進行比較研究，我們得以在借鑒的基礎上對預付款擔保制度加以完善。
從強制性上看，FIDIC合同規定預付款保函的提交是業主支付預付款的強制性要求：只有承包商提交預付款保函，業主才會支付預付款；預付款保函的出具也是工程師向承包方簽發期中支付的前提之一。而我國預付款擔保的是否提供由發包人決定，不具有強制性。
從時效性上看，FIDIC合同規定預付款保函截止日期前28天若承包方未完全還清預付款，則需延長保函期限直至還清。相較我國“在預付款完全扣回之前，承包人應保證預付款擔保持續有效”，FIDIC合同更具操作性，前后邏輯間的互為約束也更為明確。
當然我們要看到，FIDIC合同對于預付款擔保的規定歷經時間與實踐，發展至今也歷經了一系列修正和完善。與此同時我們也應探索增加預付款擔保的強制性與操作性，在借鑒國際的基礎上發展特色制度。
“近年來，國內工程預付款保函市場應用快速發展，并不斷優化完善，在保障預付款使用安全方面日益發揮重要作用。可以預見，預付款擔保市場即將迎來嶄新的發展藍海。”
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